Le fléau de la peste présent en Europe encore plus tôt que prévu

La plus ancienne souche de peste retrouvée parmi des populations agricoles du Néolithique, il y a 4900 ans, dans le sud de la Suède.

La peste a une longue histoire… plus longue même qu’estimée ! Une souche auparavant inconnue de Yersinia pestis, la bactérie à l’origine de cette dramatique maladie, vient en effet d’être trouvée dans le matériel génétique d’une jeune femme de 20 ans (Gökhem2) décédée en Suède, au Néolithique, il y a 4900 ans. Ainsi que dans celui d’un agriculteur (Gökhem4) provenant de la même fosse funéraire de Frälsegården, à Falbygden, dans le sud du pays. La découverte a eu lieu alors que des chercheurs analysaient les bases de données d'ADN ancien de 1058 génomes humains pour mieux comprendre l’histoire évolutive de ce fléau, rapporte un article publié le 6 décembre 2018 dans la revue Cell. L’équipe internationale dirigée par Simon Rasmussen (Université de Copenhague, Danemark) a ainsi repéré cette souche - dite de Gökhem – qui porte les marques génétiques de la peste pneumonique. Ce qui expliquerait pourquoi, comme l’avaient montré de précédents travaux effectués sur ce même site de Frälsegården, 78 personnes auraient été inhumées dans un laps de temps très court, il y a 4900 ans. Toutes ayant pu périr lors d’une épidémie.

La comparaison de cette souche de Yersinia Pestis avec celles déjà connues indique qu’elle aurait divergé vers 5783 ans. Elle serait donc, si l’on en croit les conclusions de l’étude, la plus ancienne souche de peste identifiée à ce jour. Jusqu’à cette trouvaille, les chercheurs pensaient en effet que ceux qui avaient introduit la peste parmi les populations agricoles d’Europe étaient des pasteurs nomades venus des steppes eurasiennes, comme le laissait entendre un article publié en 2017 dans la revue Current Biology . Or ces résultats révèlent que la peste était déjà présente sur le continent européen avant leur arrivée. En réalité, quand les éleveurs Yamna (ou Yamnaya) ont atteint l’Europe depuis les steppes d’Asie centrale il y a 4700 ans environ, ils auraient rencontré des populations déjà décimées par ce mal, explique Simon Rasmussen. « Au moment où nous voyons la peste se propager, de grandes innovations technologiques, telles que le transport par chariots et la traction animale, voyaient le jour. Un moyen idéal pour propager un agent pathogène sur de longues distances », a déclaré le généticien. Pour les signataires de l’article, la peste se serait donc répandue via ces premiers réseaux d’échanges commerciaux, plutôt que par des vagues de migrations massives, comme cela a souvent été suggéré. Ces auteurs estiment surtout que l’on pourrait être, en Suède, face aux vestiges de la première grande pandémie de l’humanité.

Toutefois, rappellent ces spécialistes, les pestes du néolithique et de l’âge du bronze étaient probablement moins virulentes que les effroyables pandémies qui suivirent, à l’instar de l’épisode du règne de Justinien au VIe siècle qui fit quelque 40 millions de morts ; de la terrifiante « peste noire » du XIVe siècle, au Moyen Age, qui anéantit la moitié des habitants de l’Europe; ou encore de l’épidémie qui décima en Inde et en Chine près de 12 millions de personnes en 1855. "Nous pensons souvent que ces super-pathogènes ont toujours existé, mais ce n'est pas le cas », rappelle Simon Rasmussen. La peste aurait en fait évolué à partir d'un organisme moins virulent : à l’âge du Bronze, la bactérie se serait propagée d’humain à humain, par la toux, en affectant principalement le système respiratoire. Ce n’est qu’après avoir subi plusieurs mutations génétiques que ce bacille, alors transmis par les puces et les rats, aurait évolué vers sa terrible forme bubonique, aux alentours de 1000 avant notre ère. Toujours selon ces auteurs, cette pandémie préhistorique pourrait expliquer le déclin qu’ont connu certaines colonies de peuplement en Europe, à l’aube de l’âge du bronze. Un thème qui fait l’objet de grandes discussions.

Source : Science et Avenir du 11/12/2018

Chronologie des hominines africains

Source : Wikipedia (en)

Les Dénisoviens, groupe frère des Néandertaliens

Un genre, plusieurs espèces mais une seule origine : la famille humaine en Afrique avant 2 millions d'années

Colloque international : "Être humain ? Archéologie des origines" par José Braga, université de Toulouse (Paul Sabatier) et université du Witwatersrand, Afrique du Sud

Depuis 2014, les découvertes de nombreux vestiges inédits d’homininés à Kromdraai (Afrique du Sud) nous permettent de mieux comprendre le scénario de notre évolution au sud de l’Afrique entre 3 et 2 millions d'années, lors du remplacement du genre Australopithecus par ses deux successeurs, probablement cousins ; Homo et Paranthropus. Accompagnés de milliers d’ossements d’animaux, les vestiges d’homininés récemment découverts à Kromdraai sont en cours d’analyse. Ils documentent deux périodes jusqu’ici inconnues sur ce site mais aussi, vraisemblablement, ailleurs en Afrique du Sud. Ils permettent une nouvelle ébauche de notre évolution biologique, au plus près de la transition vers les premiers humains.

https://www.inrap.fr/un-genre-plusieurs-especes-mais-une-seule-origine-la-famille-humaine-en-afrique-13878

La chapelle sixtine de l'Amazonie

Au cœur de la forêt colombienne, des dessins vieux de plus de 15 000 ans stupéfient les archéologues

Le San José del Guaviare, bourgade en pleine expansion, autrefois lieu d’échange des otages ou de ravitaillement des Farc, il faut plusieurs heures de piste pour arriver chez don José. Sa ferme est bâtie au pied d’un « tepuy », « montagne » en amérindien. Ces formations géologiques tabulaires aux parois abruptes, typiques du bassin amazonien, datent de 1 500 millions d’années. Certaines sont trois fois plus élevées que la tour Eiffel. Depuis ce point de départ, nous empruntons un minuscule sentier que don José ouvre à la machette. « La venue récente de chercheurs et de quelques touristes nous a alertés sur la valeur de ces peintures. Avant, on n’y prêtait pas attention. C’est parce que je chasse le singe les nuits sans lune que je sais où elles se trouvent », m’explique don José.

Mieux vaut rester vigilants dans cette végétation épaisse, haute d’une vingtaine de mètres, avec ses palmiers, ses « arbres-vaches » qui sécrètent le « lait » de caoutchouc. On lève la tête et on découvre un boa, des singes s’agitent, un couple de faucons nous surveille tandis que, dans la chaleur moite, des papillons d’un bleu presque fluorescent nous accompagnent. Une griffe, sur un tronc d’arbre, nous rappelle aussi que les lieux appartiennent aux jaguars. Et puis, en pleine ascension, alors que rien ne le laisse présager, un mural nous surprend par son immensité. Sur une paroi de grès d’une blancheur immaculée, des centaines de peintures de couleur ocre, aux contours précis, se déploient : un cacique au milieu d’hommes qui lui rendent hommage en levant les bras, des femmes enceintes, un couple d’amoureux, des caïmans, des sangliers, un serpent géant doté de mains et de pieds, des cerfs, des lézards, des tortues, des chauves-souris, des figures géométriques mystérieuses… Et ces mains d’enfants, d’adultes, comme autant de signatures d’artistes.

Quelle est la signification de ces scènes ? Une cosmogonie se devine, les interprétations foisonnent : « L’imagination des chercheurs se lâche là où les données scientifiques manquent », observe Stéphen Rostain, directeur de recherche au CNRS. Lui est certain que « les Amérindiens, en dessinant un animal, représentent l’esprit de cet animal ». Le caractère sacré de la zone pour les communautés indiennes, du Pérou jusqu’au Brésil, ne fait pas de doute. « Seuls les anciens, c’est-à-dire les chefs, et les meilleurs guerriers peuvent y venir en pèlerinage pour rendre hommage aux dieux. Les autres n’y vont même pas en pensée. Cela serait un sacrilège », explique Andrés Lopez, de l’Institut colombien d’anthropologie et d’histoire (Icanh).

Andrés Lopez, conseiller du directeur de l’Institut colombien d’anthropologie et d’histoire (Icanh), au pied d’une fresque de 30 mètres de hauteur dans la Lindosa

Pablo Escobar y avait installé son domaine, Tranquilandia, la terre de la tranquillité. Cette région reculée et inhospitalière était idéale pour accueillir son complexe de fabrication de cocaïne : 19 laboratoires, 8 pistes d’aviation planquées dans la jungle… Il ne s’est guère soucié des peintures rupestres millénaires qui se cachent aux alentours. Les Forces armées révolutionnaires de Colombie ne s’y sont pas intéressées davantage. En cinquante ans, la guérilla a pourtant fait 6,9 millions de déplacés, 260 000 morts et 45 000 disparus. Mais elle a épargné la chapelle Sixtine précolombienne.

Le site archéologique de la Lindosa (la Jolie) a été découvert en 1949 par un explorateur français, Alain Gheerbrant. A son retour d’expédition, il raconta : « Je vis à la limite de la civilisation, à l’orée de la grande forêt, une falaise d’un blanc miroitant, haute de 40 mètres, longue de plus de 100 mètres et couverte de centaines de peintures rouges et ocre représentant des animaux, des formes humaines, des motifs géométriques. Cette découverte doit faire l’objet d’une étude particulière. Disons seulement qu’il s’agit d’un site précolombien jusqu’alors inconnu et sans doute des plus riches qui soient en culture primitive de la plaine amazonique » (« L’expédition Orénoque-Amazone », 1952). Il fallait alors quatre mois par voie d’eau, depuis la capitale, pour y arriver. On avait toutes les raisons de préférer oublier cette merveille. Jusqu’à ce que, un jour de 1987, le directeur des parcs nationaux, Carlos Castaño Uribe, survole cette nature vierge. Alors que des vents violents déportent son hélicoptère, il aperçoit des parois peintes. Il organisera une douzaine de repérages par air avant de monter une expédition à une centaine de kilomètres du site de la Lindosa. Après de longues heures d’escalade et d’errements, il tombe sur deux grandes peintures de jaguar. Le soir même, au campement, il voit un jaguar s’approcher : ce manteau rocheux portera le nom de « Refuge du jaguar ».

Des trésors dont personne n'osait imaginer l'existence

Mais on y dénombre d’autres félins et des milliers d’espèces endémiques ou menacées, dont le puma, le tapir, la loutre géante, le hurleur roux ou le lagotriche… « Derrière chaque pierre on trouve une nouvelle espèce ou une nouvelle plante ! » s’exclame Ernesto Montenegro, directeur de l’Icanh, diplômé de l’université de la Sorbonne. Pour que les scientifiques s’y rendent sans risquer leur vie, il a fallu attendre la signature de l’accord de paix historique de 2016 avec les Farc. Alors seulement, ils ont pu mettre au jour des trésors pariétaux dont personne n’osait imaginer l’existence ; 75 000 peintures rupestres sur 50 muraux monumentaux inventoriés sur la Lindora et Chiribiquete ! Le 2 juillet dernier, l’Unesco a déclaré ce dernier patrimoine mondial de l’humanité pour sa valeur culturelle et naturelle. Une première pour l’Amazonie. Et un encouragement pour les biologistes et les archéologues qui mènent des prospections titanesques, compte tenu de l’étendue et des difficultés d’accès.

Détail d’un ensemble de la Lindosa. C’est dans des abris sous roche, au pied des parois, qu’on trouve les fresques préhistoriques

Le seul ensemble accessible à pied est celui de la Lindosa, composé de huit sites disséminés dans la jungle. Ces peintures seraient datées de 14 000 à 12 000 ans avant Jésus-Christ, tandis que celles de la région voisine du Chiribiquete remontraient à – 20 000 ans, c’est-à-dire à la fin du paléolithique. Lors de la dernière glaciation, à la fin du pléistocène (– 110 000 à – 10 000 ans), alors que l’Asie et l’Amérique sont reliées par la glace, des chasseurs-cueilleurs venus de Sibérie passent en Alaska. De là, ils vont coloniser tout un continent. « Ces datations constituent des hypothèses plausibles mais ne relèvent pas de données scientifiques », modère Stéphen Rostain. L’âge des peintures de la grotte de Lascaux est estimé à environ 18 000 ou 17 000 ans avant Jésus-Christ, cette datation ne fait pas non plus l’unanimité. Unique certitude : ce site sacré continue à vivre. Des fragments de roche sur le sol et des restes de feu récemment retrouvés l’attestent. « Des paysans qui avaient déserté les Farc et fuyaient dans la jungle ont aperçu des Indiens en train de peindre. Ils ont essayé de leur parler mais ils ne comprenaient pas leur langue », raconte Andrés Lopez, qui confirme que quatre communautés, non contactées ou en isolement volontaire, y effectuent des rituels. Un jour, des guérilleros ont croisé des Indiens en transhumance. Ils leur ont donné leurs tee-shirts… On les retrouvera morts. Tout contact avec la civilisation représente un risque mortel pour ces communautés. La loi interdit désormais de les approcher.

Les autochtones exfolient la roche pour repeindre dessus avec une terre chauffée, riche en oxyde de fer et en manganèse, qui adhère à la paroi à tel point que la pierre absorbe le pigment. La peinture est d’autant mieux préservée de l’érosion qu’elle est abritée par une végétation tropicale. Reste une énigme : comment ces chasseurs-cueilleurs peuvent-ils peindre à 7 mètres, voire à 30 mètres de hauteur, comme dans le Chiribiquete, alors qu’aucun échafaudage n’a été retrouvé ? L’Icanh, seul représentant de l’Etat sur place, souhaite établir un parc archéologique, un projet de développement socio-économique légal. Il faudra d’abord convaincre les dissidents de la guérilla, qui ont refusé de déposer les armes, de la nécessité de coopérer pour la sauvegarde et la préservation de ce patrimoine.

Une paroi peinte de la Lindosa. Cent kilomètres plus loin, dans le Chiribiquete, on retrouve le même genre de motifs

Pour descendre le Guaviare, affluent de l’Orénoque et principale voie de communication de la région, on emprunte une pirogue. C’est le seul moyen de rejoindre d’autres sites de la Lindosa. L’avocat don Nelson sert d’intermédiaire entre les dissidents des Farc et l’Icanh en charge des explorations scientifiques. C’est avec leur accord, et l’aide d’un ancien cultivateur de coca, don Barnas, que l’on peut s’engouffrer dans la jungle.

Vues aériennes du Chiribiquete avec ses tepuys, une zone effondrée surnommée « le stade » et une cascade dont les eaux rouges évoquent un chaudron diabolique

Du haut du tepuy, on découvre les ravages de la déforestation. Les paysans se sont approprié des terres abandonnées par les guérilleros pour y installer leurs troupeaux. Mais, en pratiquant le brûlis, ils déclenchent des feux. En février dernier, des archéologues n’ont pas réussi à contenir celui qui menaçait des muraux. In extremis, Bogota a envoyé ses Canadair. Cette fois, l’autorisation des rebelles n’a pas été nécessaire. Au sol, c’est plus délicat : « Un archéologue est venu travailler ici avec un détecteur de métal, nous raconte don Barnas. Mais un commandant des dissidents lui a réclamé sa machine pour chercher de l’or ! Il a menacé de le tuer pour qu’il la lui donne. L’archéologue lui a expliqué que c’était un instrument difficile à manier ; il a alors exigé que l’archéologue travaille pour lui… Heureusement, d’autres chercheurs ont trouvé un jeune pour faire marcher la machine. Il n’a pas découvert d’or et le commandant s’est lassé. » Découvrira-t-il un jour qu’il a, à sa portée, mieux que de l’or : des fresques millénaires ? Le patrimoine de l’humanité.

Source : Paris Match du 22/10/2018

Quand d'autres peuplaient la Terre : combien d'espèces ?

Néandertal et ses morts

Les idées reçues de la Préhistoire

Le statut du mammouth chez les chasseurs-cueilleurs paléolithiques en Europe centrale et orientale

Des traces de mystère d'anciens humains trouvés cachés dans nos génomes

Les humains préhistoriques étaient des aventuriers sexuels, s'accouplant avec des Néandertaliens et des Denisoviens, mais des études d'ADN révèlent des alliances avec des populations dont nous ignorions l'existence.

Nous en apprenons sur nos ancêtres de plusieurs manières. Les os nous disent à quoi ils ressemblaient. Les dents révèlent leur alimentation. Les outils, les pots, l'art et d'autres artefacts contiennent des histoires sur leur culture. Puis, il y a dix ans, le premier génome ancien a été séquencé, ouvrant une toute nouvelle fenêtre sur notre passé - une fenêtre qui promettait des informations plus intimes.

La percée a révélé que les Néandertaliens étaient très à l'aise avec les humains. Depuis lors, les généticiens sondent de plus en plus de fossiles à la recherche de preuves d'alliances inter-espèces passées. Les études n'ont pas déçu. Mais dans une tournure intrigante, ils ont commencé à déclencher quelque chose d'inattendu: cachés à l'intérieur des génomes se trouvent des signes d'ancêtres dont nous ignorions l'existence. Les généticiens les appellent des «fantômes».

Nous n'avons aucune trace physique de ces anciens hominins - pas d'os, pas d'outils, pas de vestiges archéologiques. Pourtant, le code génétique qu'ils ont laissé dans les fossiles d'autres hominidés, et chez les humains vivants aussi, offre des informations profondes et sans précédent sur la façon dont notre espèce est née et à quoi ressemblait le monde à l'époque.

L'idée que chacune de nos cellules pourrait contenir des fragments de code génétique d'espèces éteintes existe depuis plus d'une décennie. Puis, en 2008, Svante Pääbo et son équipe de l'Institut Max Planck d'anthropologie évolutive de Leipzig, en Allemagne, ont réussi le coup de maître consistant à taquiner l'ADN d'os de Néandertal millénaires en quantités suffisamment importantes pour être séquencées. Cela a fourni un moyen évident de savoir si Homo sapiens s'était reproduit avec des Néandertaliens ( Homo neanderthalensis ): vous pouvez simplement rechercher dans les génomes de personnes vivantes des séquences d'ADN avec des modèles de mutations distinctement néandertaliens. Ces études comparatives ont révélé que les premiers humains s'étaient en effet accouplés avec des Néandertaliens, et pas une seule fois. Selon les estimations actuelles, les génomes de tout le monde sauf les Africains sontentre 2 et 4 pour cent de Néandertal.

Des alliances inattendues

Il y avait ici deux espèces clairement distinctes, séparées par jusqu'à 700 000 ans d'évolution, mais les restes de leurs penchants sexuels sont capturés dans l'ADN de la majorité des personnes vivant aujourd'hui. De plus, il est vite apparu que nos ancêtres ne s'entendaient pas seulement avec les Néandertaliens.

Au moment où Pääbo terminait le séquençage du génome de Néandertal, une parcelle atterrit sur son bureau. Il contenait un minuscule fragment d'un os de doigt des montagnes de l'Altaï en Sibérie. La pièce avait entre 30 000 et 50 000 ans et on pensait qu'elle provenait d'un autre Néandertalien. Son équipe allait avoir une grosse surprise. L'analyse ADN a révélé un groupe entièrement nouveau d'humains archaïques, maintenant surnommé les Denisovans , qui s'est séparé d'un ancêtre commun avec les Néandertaliens il y a environ 500 000 ans.

Une fois de plus, des comparaisons avec les génomes humains modernes ont montré que les deux se croisaient. Des études génétiques révèlent que cela s'est produit en Eurasie. Ils montrent également que les Denisoviens vont de la Sibérie à l'Asie du Sud-Est et qu'au moins un de leurs gènes aide les Tibétains modernes à vivre en haute altitude . L'idée que nos ancêtres s'hybridaient avec d'autres hominins a été rejetée une fois. Maintenant, il commençait à avoir l'air de s'accoupler avec quelque chose de vaguement humain.

Les Denisoviens sont presque des fantômes: nous avons cet os de doigt et quelques molaires comme témoignage physique de leur existence, mais pas plus. Puis en 2016, un véritable fantôme a émergé des génomes de 44 individus qui vivaient au Moyen-Orient il y a entre 14000 et 3400 ans. Leur ADN contenait des marqueurs génétiques indiquant un groupe distinct d'anciens H. sapiens basés dans la région il y a plus de 45 000 ans. Les membres de cette population sont maintenant connus sous le nom d'Eurasiens basaux, et ils présentent une énigme. Leur ADN, qui se trouve encore chez les Européens modernes, ne montre aucun des signes révélateurs d'un croisement avec des Néandertaliens. Cela a été une surprise car les humains ancestraux se sont accouplés avec les Néandertaliens très peu de temps après avoir quitté l'Afrique il y a 60000 ans dans le cadre de la migration qui devait donner naissance à toutes les personnes d'origine non africaine en vie aujourd'hui.

L'explication la plus probable est que peu de temps après cette migration, un groupe d'humains s'est isolé tandis que les autres se sont cognés et se sont accouplés avec des Néandertaliens. «Si vous voulez, c'est une troisième branche», déclare Chris Stringer du Natural History Museum de Londres - une branche qui est distincte des humains qui étaient restés en Afrique et de ceux qui se répandaient progressivement en Eurasie, en Australie et finalement en les Amériques. Puisqu'il n'y a pas de fossiles connus appartenant aux Eurasiens basaux, il est impossible - pour l'instant - de dire pourquoi ils ont été isolés. Peut-être était-ce simplement là où ils se sont installés, loin des autres groupes. Ou peut-être ont-ils développé des différences culturelles. Quoi qu'il en soit, ces fantômes ne se sont pas mélangés avec le reste de l'humanité pendant des millénaires - assez longtemps pour faire évoluer des marqueurs génétiques distincts.

La recherche basale eurasienne a montré que de riches aperçus de l'histoire humaine peuvent être glanés à partir de l'ADN seul. Mais, comme les études de Néandertal et de Denisovan, elle s'est appuyée sur l'obtention d'ADN à partir de fossiles, ce qui reste un énorme défi. L'ADN se dégrade avec le temps, il faut donc des fossiles spéciaux et des compétences spéciales pour l'extraire de très vieux os, en particulier ceux qui ont passé des milliers d'années enterrés dans des climats chauds. Cependant, au milieu des années 2000, les généticiens discutaient déjà d'une autre approche. Entre autres, Jeffrey Wall, maintenant à l'Université de Californie, Los Angeles, et Vincent Plagnol, maintenant à l'University College de Londres, ont suggéré qu'il pourrait être possible de repérer des signes de populations éteintes dans l'ADN des humains modernes, simplement en utilisant des statistiques intelligentes.

L'idée générale est que tout ADN est sujet à des mutations aléatoires qui s'accumulent au fil des millénaires et se transmettent de génération en génération. En examinant les modèles de mutation dans les populations modernes, il est possible de repérer des segments qui ne correspondent pas au modèle habituel de H. sapiens . Ceux-ci sont présumés provenir de populations qui ont évolué séparément de notre propre espèce pendant des milliers d'années avant de s'accoupler avec les humains. La modélisation statistique peut alors produire des estimations du moment où les deux groupes se sont accouplés et de la différence entre l'autre population et nos ancêtres.

Ces dernières années ont vu plusieurs tentatives de raffiner ces méthodes et de les appliquer à l'Afrique - le berceau de notre espèce et le cadre d'une tranche de notre histoire que nous connaissons très peu. Cette nouvelle recherche a révélé la présence d'au moins un ancien fantôme sur le continent.

Néandertaliens africains ?

Josh Akey de l'Université de Washington à Seattle, Sarah Tishkoff de l'Université de Pennsylvanie et d'autres ont passé des années à séquencer et analyser les génomes des Africains modernes qui appartiennent à des groupes aux racines ancestrales profondes, y compris les chasseurs-cueilleurs Baka du Cameroun, et le Hadza et Sandawe de Tanzanie. Au sein de ces génomes, ils ont trouvé des segments d' ADN qui semblent provenir d'une autre espèce d'hominidés . Parce que cet ADN ne se trouve que chez les descendants des peuples africains - et non chez les Eurasiens - l'espèce fantôme doit s'être croisée avec H. sapiens après la migration hors de l'Afrique il y a 60 000 ans. En fait, d'après les calculs de l'équipe, cela s'est probablement produit au cours des 30000 dernières années.. Si c'est vrai, c'est énorme. Cela signifie que jusqu'à très récemment, il y avait au moins une autre espèce d'hominidés vivant à nos côtés en Afrique. Selon Akey, des preuves bientôt publiées suggèrent qu'il pourrait y en avoir eu plus d'un.

Les fantômes africains apparaissent comme évolutifs distincts des humains modernes comme le sont les Néandertaliens et les Denisoviens. «Cela signifie qu'ils sont probablement issus de la même population africaine à laquelle les Néandertaliens font leur ascendance», explique Akey. «Donc, l'idée est qu'il y a 700 000 ans, il y a une population en Afrique qui se sépare de la lignée humaine moderne, sort de l'Afrique et devient ce que nous reconnaissons comme néandertalien. En même temps, il y a une autre scission en Afrique qui devient un peu comme un Néandertalien africain.

Qui étaient ces «Néandertaliens africains» est un mystère. Un indice pourrait provenir d'un fossile sur lequel Stringer a travaillé pour son doctorat dans les années 1970: le crâne d'Iwo Eleru du Nigéria. À environ 13000 ans, cet individu était vivant à peine un millénaire environ avant que certains humains ne commencent à cultiver, mais il présente un étrange mélange de caractéristiques modernes et primitives. Récemment, Stringer et Katarina Harvati de l'Université de Tübingen en Allemagne ont fait une nouvelle analyse du crâne . Cela a confirmé qu'il est très étrange pour son âge. «Il ressemble en fait aux premiers sapiens des fossiles plutôt que des derniers, et cela ne ressemble certainement pas à des Africains récents », dit Stringer. «Nous avons suggéré que cela pourrait être un exemple d'un Africain dont la population avait reçu cette introgression archaïque.» En d'autres termes, il pourrait s'agir d'un humain dont les ancêtres se sont accouplés avec un fantôme africain.

Pour l'instant, aucun ancien hominidé africain n'a eu son génome séquencé, il est donc possible que des restes physiques de ce fantôme aient déjà été déterrés. Un candidat est Homo naledi , une espèce découverte en 2013 au fond d'un système de grottes étroites en Afrique du Sud. Les fossiles ont environ 250 000 ans , mais personne ne sait combien de temps l'espèce a survécu. Si pressé, cependant, Stringer mettrait son argent sur un autre suspect. «Je parie que Homo heidelbergensis est l'introgresseur», dit-il. Des preuves récentes non publiées suggèrent que cette espèce existait encore il y a moins de 300 000 ans, lorsque les humains étaient déjà apparus. Alternativement, les fantômes peuvent avoir été une sous-population de H. sapiens qui, comme les eurasiens basaux, a été isolé des autres populations assez longtemps pour que l'ADN de ses membres acquière différents marqueurs. «Il se pourrait qu'il y a 100 000 ans ou plus, il existe différentes populations d'humains anatomiquement modernes dans différentes parties de l'Afrique», explique Tishkoff. «Et peut-être qu'à un moment donné, ils se mélangent les uns aux autres et peut-être que certaines populations se sont éteintes.»

Tishkoff pense qu'il serait surprenant que nos ancêtres ne s'accouplent pas avec d'autres anciens hominins d'Afrique. Cependant, elle prévient que les preuves des fantômes africains sont encore provisoires: parce que nous en savons si peu sur l'histoire de la population de l'Afrique, elle et ses collègues ont dû faire de nombreuses hypothèses pour interpréter leurs données. «Cela ne veut pas dire que [l'hybridation] n'a pas eu lieu en Afrique», dit Tishkoff. «Cela s'est probablement produit. C'est vraiment difficile à prouver. Le clincher viendra quand quelqu'un sera capable de séquencer l'ADN extrait d'un fossile africain et de le comparer avec les fragments d'ADN fantôme trouvés chez les Africains modernes. C'est un défi, mais étant donné les progrès du séquençage de l'ADN ancien au cours de la dernière décennie, ce n'est probablement qu'une question de temps avant que quelqu'un ne le rencontre.

«Il se peut que quelques espèces d'hominidés vivent récemment avec nous en Afrique»

«La génétique en général change la façon dont nous comprenons notre espèce», déclare Tomas Marques-Bonet de l'Université Pompeu Fabra en Espagne. «Pour moi, tout commence avec les Denisoviens: la première fois que nous avons enlevé l'ADN d'un doigt et que nous n'avons trouvé ni humain ni néandertalien - quelque chose pour lequel nous n'avons pas de visage et très peu d'autres informations - c'était la première fois que la génétique éclairait quelque chose qui avait totalement échappé paléontologie."

Il s'avère maintenant que les Denisoviens avaient leurs propres fantômes . Les personnes vivant aujourd'hui en Océanie et en Asie de l'Est et du Sud-Est ont hérité d'environ 5% de leur ADN des Denisoviens. En examinant de plus près ces séquences génétiques, l'équipe d'Akey a constaté qu'elles ne se rapportent pas toutes au génome original des os des doigts de la même manière. En fait, le groupe a trouvé des signes de deux populations de Denisovan distinctes sur le plan de l'évolution. «C'était vraiment inattendu», dit-il. « Il y a en fait une autre lignée fantôme, Denisovan.

Ce que toutes ces études soulignent, c'est que c'était la règle, plutôt que l'exception, pour les populations d'hominidés de se diviser pendant des milliers, voire des centaines de milliers d'années, puis de se revoir et de s'accoupler. Les arbres évolutionnaires nets et bifurquants doivent être abandonnés. «Prenez un stylo sur un morceau de papier et commencez à faire des lignes ondulées», dit Akey. «C'est l'histoire humaine.» À un niveau plus élémentaire, cela amène également de nombreuses personnes sur le terrain à cesser d'utiliser les termes espèces et sous-espèces pour désigner différents hominins, préférant plutôt parler de groupes ou de populations. Après tout, les individus appartenant à différentes espèces - comme H. sapiens et H. neanderthalensis - ne sont pas censés être en mesure de produire une progéniture viable.

Les fantômes et les quasi-fantômes font du monde antique un endroit beaucoup moins solitaire. «Si nous regardons autour du monde aujourd'hui, nous sommes vraiment le seul match d'hominin en ville», déclare Akey. «Les gens supposent que cela a toujours dû être ainsi. En fait, le monde était un endroit beaucoup plus intéressant il n'y a pas si longtemps.

Source : NewScientist du 10/10/2018