C'était un secret bien gardé. Des chercheurs viennent de découvrir qu'un petit groupe de Sapiens est sorti d'Afrique bien plus tôt qu'on ne le pensait… et qu'ils se sont hybridés avec Neandertal. Le témoin : un chromosome Y inconnu. Thomas Cavaillé-Fol déroule la pelote génétique de leurs amours…
Voici l'échappée la plus romantique de l'histoire de l'humanité. Jugez plutôt : des milliers de kilomètres traversés, des soupirants aux origines plus éloignées que tout ce que Shakespeare pouvait bien imaginer, et un secret gardé pendant environ 200 000 ans. Non, nous ne sommes ni voyeurs ni indiscrets : les amants démasqués sont nos ancêtres. Et leur histoire, aussi intime soit-elle, est aussi la nôtre. C'est l'ADN, cette information génétique enfouie au cœur des cellules, qui nous l'a racontée.
L'aventure met en scène notre lignée, celle d'Homo sapiens, et celle de Neandertal, cette espèce humaine cousine qui vivait encore dans l'ouest de l'Eurasie il y a environ 40 000 ans. Bien entendu, il n'est pas question ici de leur idylle bien connue, survenue juste après que notre espèce est sortie d'Afrique il y a 60 000 ans environ, et dont notre génome conserve toujours la ferveur sous forme de quelques pourcents d'ADN néandertalien. Non, le tout premier coup de foudre entre nos deux humanités a eu lieu bien avant cela : "Il y a entre 350 000 et 100 000 ans, sûre ment quelque part en Eurasie , ébruite Janet Kelso, de l'Institut d'anthropologie évolutive Max-Planck, de Leipzig (Allemagne), qui, avec son équipe, vient d'en révéler l'existence. C'est là, pour la première fois, qu'un groupe de pré-Sapiens s'est hybridé avec des néandertaliens."
Si cette rencontre précoce est restée si longtemps ignorée, c'est que notre génome n'en a gardé nulle trace. Et pour cause : les pré-Sapiens en question ont tout bonnement disparu. Ils ne sont pas nos ancêtres directs. "Ils devaient être moins nombreux que les néandertaliens, et se sont donc sûrement fait absorber, comme nous avons fini par absorber à notre tour Neandertal, après notre sortie d'Afrique" , pointe Mikkel Heide Schierup, spécialiste en génétique des populations à l'université d'Aarhus (Danemark).
Certes, des fossiles de Sapiens très anciens ont été retrouvés en Europe, comme un crâne vieux de 210 000 ans en Grèce : notre espèce s'aventurait déjà hors d'Afrique pour fouler la terre néandertalienne. Mais cela n'implique en rien une rencontre sulfureuse avec Neandertal. C'est donc le génome de celui-ci qu'il a fallu fouiller.
"De précédentes recherches avaient déjà suggéré qu'une telle hybridation pouvait avoir eu lieu , atteste Céline Bon, paléogénéticienne au Museum d'histoire naturelle de Paris. L'ADN mitochondrial de Neandertal, transmis par la mère [voir jargon] , est plus proche de celui de Sapiens que de celui de Denisova. Or, cela n'a pas de sens, puisqu'on sait que les lignées de Denisova et de Neandertal sont plus proches entre elles que de celle de Sapiens . Pour l'expliquer, il y a deux scénarios, pas incompatibles d'ailleurs : soit il y a eu une hybridation entre Neandertal et Sapiens avant celle de la sortie d'Afrique, soit Denisova s'est hybridé avec une autre espèce. Or cette étude confirme le premier scénario." Et en dévoile de nouveaux aspects.
Une propagation extrêmement efficace...
Car pour mettre au jour cette liaison inter-espèces, l'équipe de Janet Kelso s'est attaquée à une grande énigme du génome néandertalien : le chromosome Y, porté seulement par les hommes et transmis de père en fils. "Jusqu'ici, les seuls génomes néandertaliens assez bien séquencés étaient féminins ; impossible, donc, de faire une analyse poussée du chromosome Y, s'amuse Janet Kelso. Nous avons alors utilisé une technique appelée 'capture d'hybridation' sur plusieurs fossiles masculins dont le chromosome Y n'avait jamais pu être étudié. Il s'agit d'utiliser des sortes d'appâts, des petites séquences d'ADN du chromosome Y de Sapiens qui, grâce à leur proximité génétique, vont venir 'pêcher' les chromosomes Y néandertaliens et dénisoviens dans les échantillons."
Les chromosomes Y de trois néandertaliens et deux dénisoviens ont ainsi été séquencés pour la première fois, et comparés au nôtre. En comptant les différences existant entre ceux-ci, et en prenant en compte le nombre moyen de mutations survenant à chaque génération, l'équipe a estimé l'époque à laquelle l'ancêtre commun de chaque chromosome avait existé, soit l'âge de divergence des différentes lignées de chromosomes.
Résultat sans équivoque : les chromosomes Y des deux dénisoviens ont divergé du chromosome Y de Sapiens il y a environ 700 000 ans, soit au moment bien admis où la lignée Neandertal/ Denisova, tout juste séparée de Sapiens , aurait quitté l'Afrique pour envahir l'Eurasie. Sauf que les trois chromosomes Y néandertaliens, eux, auraient divergé du nôtre il y a seulement 350 000 ans environ ! Enfin, ces trois chromosomes Y néandertaliens n'auraient réellement divergé entre eux qu'il y a 100 000 ans. "Il y a donc forcément eu hybridation entre Sapiens et Neandertal, mais pas avec Denisova, entre -350 000 ans, date à laquelle un petit groupe de pré-Sapiens s'est détaché de sa population et a quitté l'Afrique pour l'Eurasie, et -100 000 ans, où on est certain que le croisement a eu lieu , éclaire Janet Kelso. Mieux, ces résultats concordent avec ceux obtenus lors de la comparaison de l'ADN mitochondrial, ce qui peut indiquer qu'il n'y a eu qu'un seul évènement d'hybridation."
Une analyse partagée par Mikkel Heide Schierup : "On ne peut pas vraiment savoir comment cet évènement s'est déroulé : peut-être plusieurs petits groupes se sont-ils rencontrés, peut-être seulement deux, mais en tout cas à peu près au même moment, et dans une même région d'Eurasie. Ce qui est particulièrement intéressant, c'est que les néandertaliens ont hérité à la fois du chromosome Y et des mitochondries Sapiens, c'est-à-dire que les couples se faisaient dans les deux sens - homme Neandertal/femme Sapiens, et inversement. Et aussi, que des enfants de ces deux types de couples, filles et garçons, ont été acceptés par la communauté néandertalienne." Plus qu'acceptés même, fait remarquer Céline Bon : "Ces enfants métis ont eu accès à la reproduction, ce qui veut dire qu'ils étaient nourris, protégés et socialement intégrés. Bien sûr, certains ont pu être rejetés, mais l'ADN ne peut pas le dire. Le fait est que l'ADN Sapiens issu de cet évènement s'est répandu dans la population néandertalienne avec un succès incroyable."
Source : Sciences et Vie du 17/08/2021
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